這次的災情造成大量動物淹死，使畜牧業者損失慘重，原因之一在於早期的養豬業者，多選擇將廠址設在大排附近，方便排水，但這些地方多較低窪，就容易受災 。其中在嘉義縣就有91家畜牧業者受災，在淹了五、六天之後，出現大量的死亡動物需要清運，像是養雞場中觸目可及上萬隻死雞，養豬場也有上百頭豬隻死亡等待清運。特別是豬隻死亡後若沒有馬上清運，第二天身體就會膨脹流出腸子，易衍生傳染病等衛生問題。 。

但清運動物屍體的工作相當不易，環境又髒又臭，以致於遍尋不著願意接手處理的廠商，就算畜牧業者加價也一樣，只能由業者自行清運，不過光是靠業者本身的人力是無法在短時間內清除完畢的，時間一久，動物屍體開始腐爛，讓業者苦不堪言

農委會在25日接獲災情後，隨即請防檢局成立工作小組，協助雲林縣、嘉義縣市、臺南市、高雄市及屏東縣等縣市，處理畜禽清運，並陸續協調國防部、環保署與各地方政府共同處理 。災後第六天，即8月28日，在東石鄉掌潭村的養雞場中，上百名國軍前往協助，配戴防護衣、雨鞋、口罩、手套後，涉水進到雞舍與養豬場，在充滿臭氣的環境中，將動物屍體一一裝袋清運，這樣的緊急協助讓業者十分感謝。

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